This is a pencil.

手の届くところにある「これ」はthis、

手の届かない遠くにある「あれ」はthat、

相手の質問に対し、「それは~です」と答えるときはit

を使います。

thisやthatには距離感がありますが、itにはないことが大きな特徴です。

“This is a pencil.”の疑問文は、動詞がbe動詞なので主語と動詞を入れ替えて、

Is this a pencil?

「はい、そうです。」は、

Yes, it is.

「いいえ、ちがいます。」は、

No, it is not （またはisn’t）.

とします。